战国末年，蜀郡水患肆虐。太守李冰勘测岷江三年完成治水方略，却因禁止童女祭江的陋习，被同僚构陷停工。李冰儿子李二郎因额间胎记形似竖目，被乡邻视为“三眼妖怪”，极度渴望得到父子和世人的认可。为保护被献祭的幼女，也为帮助被罢官受辱的父亲，李二郎利用一只黑龙的神力，假扮“二郎神”震慑百姓。李冰察觉了儿子的秘密，也明白儿子与黑龙的友谊，只盼治水功成后，由自己扛下所有罪名。然而郡丞赵严觊觎太守之位，屡次设局陷害，以“劈开玉垒山”为赌局，欲置父子于死地。父子二人同心，用“火烧水激”之法劈开玉垒山，用竹笼卵石筑成鱼嘴分水，在一次次危机中展现出凡人智慧。李二郎不再借用神力，从父亲身上明白“神力只能救一时，治水才能济一世”的道理。赵严最终设下死局，逼迫李冰父子斩杀黑龙，否则同罪处死。大战中，黑龙被鱼精蛊惑彻底暴走，引发灭世洪灾。危急关头，李冰父子相互守护，从古籍中寻得真相，唤醒了黑龙被遗忘五百年的守护初心。天帝降临，封二郎为神、李冰为川主大帝。父子二人却拒绝飞升：“神在人心里，不在云天上。”父子同心，终成泽被千年的都江堰。