宇宙世紀0096年、ラプラスの箱＝宇宙世紀憲章をめぐる事件後から数か月が過ぎたころ 地球連邦軍は地球圏外に漂う、分断されたアクシズに調査団を派遣させる。 調査団のメンバーには、アルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグという二人の民間人も参加していた。 彼らはかつて技術者とテストパイロットとして、ジオン公国軍、そしてネオ・ジオンに仕官していたという過去があったのだ。 アクシズに潜入した調査団は、誰もいないはずの基地内で強襲を受ける。 そしてアルレットとダントンは、想像もしていなかった出来事に遭遇するのだった…。
